285年,在与可汗的战斗中被摧毁的美国进步号(USS Progress)前往地球的太空港进行维修。柯克仍在为斯波克的死而悲伤。麦考伊博士有各种不寻常的举动,比如闯入斯波克的密封舱,胡言乱语。最后被送到医院做了能量检查。斯科特被分配到美国军舰勤奋号。星际舰队指令部对新成立的创世星发布了禁令。柯克告诉我们向上进步号即将退役。斯波克的父亲沙里克找到柯克,告诉他斯波克的身体必须去瓦肯星,否则他的灵魂将不得安眠。萨雷克要求柯克返回创世纪,找到斯波克的棺材并带回瓦肯——而斯波克生前与麦考伊有过精神融合,所以拥有斯波克灵魂的麦考伊必须去瓦肯。然而,星际舰队拒绝让陈腐的向上进步号脱离太空港。从医院出来后,得知消息的麦考伊骗自己招了一艘飞船返回创世纪。他在和别人争吵时被拘留,但这并没有影响他的所有计划:在柯克、斯科特、苏鲁、乌胡拉和契诃夫的帮助下,麦考伊顺利逃脱,一起登上了废弃的向上进步号。为了避免被追赶,斯科蒂还砸了金靖的引擎。六个错误冒着坠落最终造成奇迹的伤害,驱使向上的进程到了创世纪。