城市恢复平静后,大反派重整旧部卷土重来,与外星恶势力兰格勾结,试图称霸地球。忍者神龟莱昂纳多(皮特·普劳泽克·皮特·普劳泽克饰)、拉斐尔(阿兰·里奇森·阿兰·里奇森饰)、多那太罗(杰瑞米·霍华德·杰瑞米·霍华德饰)和米开朗基罗(诺尔·费舍·诺埃尔·费舍尔饰)以及女记者艾普丽尔·奥尼尔(梅根·福克斯梅根·福克斯饰)、韦恩·芬威克(威尔·阿内特饰)和蒙面义警凯西·琼斯(斯蒂芬·阿梅尔饰)并肩对抗反派。石(饰)越狱后,与疯狂科学家巴克斯特·托克曼(饰)和他的两个笨拙的得力助手猪面和牛头联手,发布了一个控制世界的恶魔计划。当海龟们在与史和他的同伴对抗时,他们发现自己面对的是一股更邪恶的力量,反派格兰特,而海龟们将面对一个强大的宇宙对手。