故事诞生于2029年。那时候x战警已经关门了。作为仅存的少数变种人之一,金刚狼罗根(休·杰克曼休·杰克曼饰)和卡利班(斯戴芬·莫昌特·斯戴芬·莫昌特饰)照顾着老X-栽培(帕特里克·斯图尔特·帕特里克·斯图尔特饰)。由于年龄的增长,X-栽培已经失去了对他的超能力的控制。如果他不依赖药物,他的超能力就会失控。更何况金刚狼的自愈能力也随着时间的推移逐渐减弱,无论是体力还是力量都已经大不如前。一天,一个陌生的女人发现了金刚狼,并恳求一个名叫劳拉(达芙妮·基恩·达芙妮·基恩饰)的女孩将劳拉送到加拿大边境的伊甸园。让罗根没想到的是,劳拉其实是自己种下的自然变异体,而在传说中的伊甸园里,有一群和劳拉命运相似的孩子。罪孽深重的唐纳德(波伊德·霍布鲁克·波伊德·霍布鲁克饰)密切跟踪罗根一行人的踪迹,他的目标只有一个,那就是彻底灭掉自然变异人。