面对电子乌贼的大潮,人类城市危在旦夕,莫斐斯和三一欲与入侵者决一死战。 至此,救世主尼奥的身体和心灵意外分离,后者再次落入母体。 墨菲和崔妮蒂也不得不带着尼欧的尸体回到母亲身边,和守护天使一起寻找他。 一战后,守护天使,病毒双胞胎等。都被杀了,但是尼欧在找到先知后一无所获...锡安的局势越来越危险,立法者和指挥官接连被杀,但机器的攻击并没有因为人类的抵抗而丝毫减弱。 此时,被叛徒射瞎的尼奥仍想通过希望来实现自己的预言。 这时,特工史密斯控制了先知,变得越来越强大,威胁着整个母亲的稳定。 在返回锡安的途中,飞船遭到一只电子乌贼的突袭,三位一体死亡,身受重伤的尼奥被送往机器城01。 在与机器的谈判中,尼欧承诺为了人类和机器的共同利益毁灭史密斯。 因此,母亲面临着翻天覆地的超载...