在一个阳光明媚的日子里,柯南·江户川(高山南配音)带着毛利小五郎(小山力也配音)、小兰(山崎和佳奈配音)以及少年侦探团的伙伴们来到了京都。他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰,体验出海的感觉。在此期间,他们还结识了美丽又有些神秘的女自卫队员藤井启海(柴云星配音)。 谁知欢乐的气氛很快被恐慌取代。军舰上突然发现一只断臂,失踪的自卫队员引起了军方的恐慌和猜测。 原来,某国神秘间谍X已经悄悄登上神盾号,伺机从军舰上窃取绝密情报。 为了找出隐藏的对手,柯南与海原爱(林原惠美配音)、(绪方贤一配音)、(堀川亮配音)、远山和叶(段丽阳宫村配音)齐心协力,与间谍进行了多次斗智斗勇的较量...